土壤消毒使用最普遍，价格最便宜的就是石灰，有人认为石灰不但能杀灭土壤中的病菌，还能补充植物生长发育所需的钙。最近，经研究认为，石灰并不能起到杀菌的作物，也不能补钙，相反，还会造成土壤缺钙，千万别再用生石灰进行土壤消毒啦。
生石灰是由石灰石经过高温燃烧后，形成的氧化钙。氧化钙在土壤中与水发生反应，生成氢氧化钙，也叫熟石灰，液体的也叫石灰水。熟石灰呈碱性，有人认为在发生反应时，释放出大量的热量，能杀死土壤中的病菌。其实不然，经试验表明，石灰在土壤中根本没有杀菌的作用，在土壤中形成的氢氧化钙，不但不能杀菌，还能发生严重的缺素症。
生石灰在土壤中与水发生反应，形成氢氧化钙，钙离子可以与磷酸根、碳酸根等离子结合形成大量不溶于水的盐，造成植株缺钙；同时，氢氧根离子与土壤中的镁、锰、铁等离子结合，形成不溶于水的碱，还会造成缺铁、缺硼等物质。缺素症更加严重。因此，尽量不要用生石灰进行土壤消毒。
目前，由于大量秸秆还田，土壤中含有大量的有机质，最好的土壤消毒方法就是用微生物菌剂进行消毒，生产上使用范围最广，价格最便宜的生物杀菌剂就是枯草芽孢杆菌、多年类芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和淡紫拟青霉等，微生物菌剂主要是由微生物菌、有机质等复配而成的，是一种纯天然、无毒、无害、无污染的物质，具有提高土壤肥力，增加土壤中有益微生物数量及活性，改善土壤活化性状，防止土壤板结；提高土壤保肥、保水，抗寒能力，有益的微生物菌迅速繁殖形成有益菌群，还能增强作物抗病能力，增加土壤中的有机质，阻止病原菌入侵，减少植物的病虫害生长。促进农作物生长，提高农作物产量，改善和还原农产品品质等功能。
（1）用作底肥：亩用含有益生菌数5亿/克的微生物菌肥40公斤以上，与农家肥、化肥或细土混均后撒施。
（2）沟施穴施：在幼苗定植时，或果树环状沟施，每棵用5亿/克的微生物菌肥200克，成年树放射状沟施，每棵用0.5-1公斤，可拌肥施，也可拌土施。
（3）蘸根灌根：在西瓜、黄瓜、辣椒等蔬菜幼苗定植时，用5亿/克的微生物菌肥1～2公斤，兑水3～4倍，移栽时蘸根或栽后其它时期灌于根部。可阻止病菌的侵入，防治土传病害的发生。
（4）拌营养土：在黄瓜、辣椒、番茄等蔬菜幼苗育苗时，每平方米苗床土用5亿/克的微生物菌肥公斤200～300克，与苗床土混匀后播种，可减轻猝倒病、立枯病等土传病害的发生。
